U-21 Thụy Sĩ

Xhaka chơi trận đầu tiên cho U-21 Thụy Sĩ vào ngày 3 tháng 9 năm 2010, khi vào sân thay người giúp đội đánh bại Cộng hòa Ireland tại Sân vận động Cornaredo ở Lugano.[36] Đây là trận đấu cuối cùng ở vòng loại nhóm 2 đến Giải vô địch U-21 Châu Âu 2011. Xhaka cũng là thành viên của đội U-21 Thụy Sĩ tham dự vòng chung kết do Đan Mạch làm chủ nhà từ 11 đến 25 tháng 6 năm 2011. Tuyển Thụy Sĩ lọt đến trận chung kết mà không để thủng lưới bàn nào, nhưng để thua Tây Ban Nha 2-0.

Tuyển quốc gia Thụy Sĩ

Trước khi có trận ra mắt quốc tế Thụy Sĩ, Xhaka vẫn do dự nên chơi cho đất nước mình sinh ra hay Albania, anh phàn nàn với truyền thông thể thao Albania rằng FSHF đang lờ anh đi trong khi Liên đoàn bóng đá Thụy Sĩ thể hiện sự quan tâm hơn nhiều.[37] Xhaka ra mắt tại sân vận động Wembley trong trận hòa 2-2 với Anh tại vòng loại giải vô địch bóng đá châu Âu 2012 vào ngày 4 tháng 6 năm 2011.[38] Ngày 15 tháng 11 cùng năm, anh đã ghi bàn thắng quốc tế đầu tiên trong trận đấu với Luxembourg (1-0) ở Stade Josy Barthel.[39]

Thụy Sĩ đã cố để thuyết phục Xhaka tham dự Thế vận hội Mùa hè 2012 cho bóng đá nam, nhưng anh đã chọn ở lại câu lạc bộ mới để tập luyện trước mùa giải.[40] Anh tham dự cả 10 trận đấu thuộc chiến dịch vòng loại giải vô địch bóng đá thế giới 2014, lập công trong chiến thắng 2-0 trước Slovenia..[41] Ngày 2 tháng 6 năm 2014, Xhaka có tên trong đội hình chính thức tại đội tuyển quốc thi đấu giải vô địch thế giới 2014 bởi huấn luyện viên trưởng Ottmar Hitzfeld.[42] Xhaka có bàn thắng thứ 2 trong trận thua 2-5 trước đội tuyển Pháp.[43]

Xhaka được triệu tập tham dự giải vô địch châu Âu 2016, nơi Thụy Sĩ có trận mở màn chiến dịch với Albania tại Lens. Đội bóng của Xhaka giành chiến thắng 1-0 trước đội bóng của người anh Taulant, trong khi mẹ anh theo dõi trận đấu từ khán đài trong một chiếc áo thun có in hình quốc kì của hai nước.[44] Đây là trận đấu đầu tiên hai anh em ruột đối đầu trực tiếp với nhau trong lịch sử Giải vô địch bóng đá châu Âu; bản thân Xhaka được bình chọn là Cầu thủ xuất sắc nhất trận.[45][46][47] Xhaka đã chơi chọn chiến dịch của Thụy Sĩ, kết thúc ở vòng 16 đội sau khi thua Ba Lan tại Stade Geoffroy-Guichard; sau khi hai đội hòa 1-1 sau 90 phút thi đấu chính thức, anh là cầu thủ duy nhất sút hỏng ăn trên chấm đá luân lưu.[48]

Xhaka tiếp tục có tên trong danh sách 23 cầu thủ tham dự World Cup 2018 diễn ra tại Nga. Trong lượt trận thứ hai bảng E gặp Serbia, anh là người đã ghi bàn thắng gỡ hòa 1-1 để rồi chung cuộc Thụy Sĩ vượt qua Serbia với tỉ số 2-1. Đội tuyển Thụy Sĩ sau đó vượt qua vòng bảng nhưng thất bại 0-1 trước Thụy Điển ở vòng 16 đội. Đây là lần thứ hai liên tiếp Thụy Sĩ phải dừng bước ở vòng 16 đội.